Sistem penapisan Pembersih Vakum Lantai memainkan peranan penting dalam mencegah pencemaran sekunder.
Sistem penapisan Pembersih Vakum Lantai berkualiti tinggi menggunakan pelbagai teknologi penapisan. Yang biasa ialah penapisan primer, yang biasanya penapis atau kapas penapis, yang boleh menapis zarah besar habuk dan serpihan, seperti rambut, serpihan, dll. Ini adalah barisan pertahanan pertama terhadap pencemaran sekunder. Sebagai contoh, penapis utama beberapa pembersih vakum dengan berkesan boleh memintas zarah yang lebih besar yang boleh dilihat dengan mata kasar, mengurangkan beban pautan penapisan berikutnya.
Seterusnya ialah lapisan penapis berkecekapan tinggi, seperti HEPA. Ia boleh menapis zarah habuk kecil dengan tepat, dan kecekapan penapisan untuk zarah 0.3 mikron dan ke atas boleh setinggi 99.97% atau lebih tinggi. Ini bermakna hampir semua habuk berbahaya yang disedut ke dalam pembersih vakum boleh dipintas dan tidak akan dilepaskan ke udara lagi, sekali gus mengelakkan pencemaran udara dalaman dan membahayakan saluran pernafasan manusia.
Sesetengah pembersih vakum juga menggunakan lapisan penapis karbon diaktifkan, yang boleh menyerap bau dan molekul gas berbahaya, seperti formaldehid dan benzena. Terutamanya apabila membersihkan rambut haiwan peliharaan, persekitaran lembap atau kawasan yang mempunyai bau, lapisan penapis karbon teraktif boleh menghilangkan bau dengan berkesan, menjadikan udara yang letih lebih segar, meningkatkan lagi kesan pembersihan, dan mencegah pencemaran sekunder yang disebabkan oleh bau dan gas berbahaya.
Selain itu, sistem penapisan beberapa Pembersih Vakum Lantai mewah juga mempunyai fungsi pembersihan diri. Semasa operasi pembersih vakum, habuk pada jaring penapis dibersihkan dalam masa melalui aliran udara terbalik atau getaran, mengekalkan kebolehtelapan dan kecekapan penapisan jaring penapis, dan mengelakkan penurunan sedutan dan pencemaran sekunder yang disebabkan oleh penyumbatan penapis. Sebagai contoh, sesetengah pembersih vakum dengan teknologi pemisahan siklon boleh memisahkan habuk daripada jaring penapis melalui daya emparan yang kuat semasa proses penapisan dan menjatuhkannya ke dalam baldi pengumpulan habuk, memastikan sistem penapisan sentiasa mengekalkan keadaan kerja yang baik.